Ο Θεόδωρος Αντωνακόπουλος έλαβε το Δίπλωμα του Ηλεκτρολόγου Μηχανικού από το Τμήμα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών του Πανεπιστημίου Πατρών το 1985 και Διδακτορικό το 1989 από το ίδιο Τμήμα. Το 1991 εξελέγη μέλος ΔΕΠ στο Τμήμα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Τεχνολογίας Υπολογιστών του Πανεπιστημίου Πατρών. Σήμερα είναι Καθηγητής στο ίδιο Τμήμα με γνωστικό αντικείμενο Σχεδίαση Επικοινωνιακών Διατάξεων, και επιστημονικός υπεύθυνος της ερευνητικής ομάδας «Γνωστικών Υπολογιστικών Μηχανών και Ενσωματωμένων Συστημάτων».

Έχει εκτεταμένη επαγγελματική εμπειρία στην ανάλυση, σχεδίαση και υλοποίηση επικοινωνιακών διατάξεων και συσκευών. Τα ερευνητικά του ενδιαφέροντα εστιάζονται σε θέματα αρχιτεκτονικής και μεθοδολογίας ανάπτυξης ψηφιακών διατάξεων και συσκευών, στη σχεδίαση νευρομορφικών συστημάτων και τη μοντελοποίηση και ανάπτυξη συστημάτων βασισμένων στις αρχές των νευροεπιστημών. Έχει συνεργαστεί με πολλές Ευρωπαϊκές και Αμερικανικές βιομηχανίες και έχει αναπτύξει συστήματα για την Ελληνική Πολεμική Αεροπορία. Κατά τη διάρκεια εκπαιδευτικών αδειών που έχει λάβει, συνεργάστηκε με το Research Triangle Institute(RTI), Βόρεια Καρολίνα, ΗΠΑ (1995-1996) και το IBM Research Laboratory (IBM-ZRL), Ζυρίχη, Ελβετία (2001-2002).
Έχει περισσότερες από 140 δημοσιεύσεις σε διεθνή περιοδικά και συνέδρια, 10 διεθνή διπλώματα ευρεσιτεχνίας και περισσότερες από 1.500 ετεροαναφορές στο δημοσιευμένο έργο του. Είναι κριτής σε διεθνή περιοδικά και συνέδρια της ερευνητικής περιοχής του. Είναι Senior member της ΙΕΕΕ και μέλος του Τεχνικού Επιμελητηρίου Ελλάδος.